Originally posted by 
mouglley_gen at Расширенные карты для палеогеномов
mouglley_gen at Расширенные карты для палеогеномов
Оригинал: Расширенные карты для палеогеномов
Этот пост также продолжает один из предыдущих, а именно визуализацию
суммы IBD-сегментов (а возможно, это и не IBD — вопрос остается
открытым) двух палеоевропейцев и мальчика со стоянки Мальта с
современными выборками. С тех пор в открытом доступе появилось еще
несколько обработанных палеогеномов — «усть-ишимец«, «Костенки-14» («человек с Маркиной горы») и два палеогенома хорошего качества из Венгрии.
Результаты собраны мной в онлайн-таблицу,
а также отрисованы на расширенных картах. Поскольку усть-ишимец явно
тяготел к восточноазиатам, пришлось добавить к сравнению выборки из
Южной и Восточной Азии. Ну а после этого логика подсказывала, что
неолитических земледельцев Европы неплохо бы сравнить с жителями
Ближнего Востока. Таким образом, все карты перерисованы.
Напомню
также, что результаты для «мальтинца» и «костенковца» получены при
ослабленных настройках фильтра из-за низкого качества прочтения этих
двух геномов. Напрямую сравнивать их с пятью другими нельзя. Для
отрисовки Loschbour значения умножены на 1,5 в целях повышения
контрастности.
«Неолитический земледелец» Stuttgart
«Неолитический земледелец» NE1:
Усреднение по двум земледельцам дает более ровную картинку:
«Охотник-собиратель» Loschbour:
Разница
между «охотником-собирателем» и усреднением по двум земледельцам.
Красное — больше сегментов с Loschbour, зеленое — c Stuttgart и NE1
Европеец позднего бронзового века BR2 уже более похож на наших современников:
«Усть-ишимец»:
Костенки-14 (ослабленные настройки):
Мальтинец (аналогично):
И наконец, в качестве примера результата нашего современника, моя собственная карта:
