Резюме
Никакой «калибровки» в исходной работе Л. Животовского (Zhivotovsky et al, 2004) не было. Были приведены нестыкующиеся данные, или данные вообще не приведены, и затем серией произвольных манипуляций часть данных убиралась, пока «скорости мутаций» не достигли одного порядка (именно так), которые были обозначены на «0.00069 мутаций на маркер на поколение» с погрешностью того же порядка. В последующие пять лет эта работа постоянно цитировалась с указаниями, что данные «калибровались» и «критически проверялись», пока в академическом мире в это сами не уверовали. Никакой «критической проверки», поддерживающей «коэффициент Животовского» в литературе тоже не было. К сожалению, метод продолжает применяться, давая совершенно неверные и непредсказуемые данные и приводя к совершенно ложным интепретациям. В настоящей работе те же серии гаплотипов были перепроверены, и получены совершенно другие скорости мутаций, согласующиеся с нормальной «генеалогической» скоростью мутаций.
ВВЕДЕНИЕ
Я бы не стал возвращаться к вопросу о «популяционной скорости» Л. Животовского, поскольку это уже не раз обсуждалось в комментариях в сети (например, Dienekes, 2008) и в моих статьях (Klyosov, 2008; Клёсов,2008) . Но комментарий М. Хаммера с соавторами, включая самого Л. Животовского, в ответе на мои замечания в журнале Human Genetics, меня заинтересовал.
Что написали Хаммер с Животовским? А вот что:
By examining Y-STR variation within Y chromosome haplogroups (i.e., defined by unique event polymorphisms) in populations with documented short-term histories, they inferred an evolutionary effective mutation rate of 0.00069 per 25 years on average... (Zhivotovsky et al, 2004). ... (i.e., the effective rate was calibrated for time periods of ~ 1,000 years). Since 2004, this approach has been employed by the researchers and critically evaluated in the scientific literature (e.g., Arredi et al. 2004; Di Giacomo et al. 2004: Gayden et al. 2007; Sengupta et al. 2006; Xue et al. 2005; Zhivotovsky and Underhill 2005).
Перевод: «При изучении вариаций в гаплотипах Y-хромосомальных гаплогрупп (то есть обусловленных снипами) в популяциях с документированными непродолжительными хронологиями, они пришли к выводу об эволюционных эффективных скоростях мутации 0.00069 за 25 лет... (Zhivotovsky et al, 2004). ... (то есть эти эффективные скорости были калиброваны за период времени примерно 1000 лет). С 2004 года этот подход был применен исследователями и критически рассмотрен в научной литературе (например, Arredi et al. 2004; Di Giacomo et al. 2004: Gayden et al. 2007; Sengupta et al. 2006; Xue et al. 2005; Zhivotovsky and Underhill 2005).
Можно между делом отметить, что из цитированных шести работ в трех соавтором был сам Л. Животовский (Gayden et al. 2007; Sengupta et al. 2006; Zhivotovsky and Underhill 2005), а остальные метод и не обсуждали, а просто бездумно использовали, так что какое уж там «критическое рассмотрение». Но здесь ситуация более «подтасовочная», потому что никакой «калибровки» Л. Животовским с соавторами своей скорости 0.00069 не было и близко. Были неопределенные манипуляции с удалением некоторых гаплотипов из рассматриваемой серии, были некоторые неопределенные же пассы, которые в итоге привели в цифрам с огромными погрешностями, под которые подпадает практически любой диапазон скоростей мутаций. Говорить о «калибровке» именно величины 0.00069 - это по меньшей мере недобросовестность. Ниже я покажу в деталях, что там была за «калибровка».
Это - не просто демонстрация примитивного, неверного и фактически необоснованного подхода, который Л. Животовский активно насаживает в совместных публикациях по всему миру. Хуже, когда этот подход подается как «калиброванный», причем подается самим Л. Животовским, который прекрасно знает, что никакой калибровки там не было. Еще хуже, что этот метод тиражируется в «академической» литературе. В своей статье, которая только что опубликована (Athey, 2009), Whit Athey пишет (перевод): «Популяции с древними корнями подвержены эффекту популяционной динамики, то есть исчезновение многих линий и заметная экспансия других линий, плюс возможное уменьшение продолжительности поколений. Все эти эффекты требуют корректировочных факторов, которые совместно могут достичь фактора, равного двум, который использует Животовский в своей часто цитируемой статье (Zhivotovsky, 2004).
На самом деле Л. Животовский использует фактор, примерно равный трем, но Athey сам начинает пускаться в манипуляции, переводя «фактор Животовского» из 0.00069/25 лет в фактор 0.00092/33.3 года, и беря одну из многих величин для скорости мутации для пар отец-сын 0.00184 (ссылку на которую он даже не дает), и получая фактор два.
Иначе говоря, идет активное использование и цитирование подхода, за которым ничего не кроется, кроме недоразумений и подтасовок.
В чем, собственно, метод состоит? Рассмотрим подробнее.
Суть «метода Животовского», или как не надо считать. А также, как надо
Если бы не было «генетического дрифта», вызываемого природными катаклизмами, войнами, мором и другими причинами массовых вымираний, а также другими вариантами вымирания племен, родов и прочих популяций, а также переездом носителей гаплотипов на новые территории и начала (точнее, продолжения, но часто со сдвигом) там новых линий, то дерево гаплотипов было бы симметричным и однородным, как, например, на рис. 1 и 2. Все несколько сотен гаплотипов каждого из этих и подобных деревьев сходятся к одному общему предку, который в показанных сериях жил 3950±400 и 3600±370 лет назад.
Но такие случаи редки, да и время здесь относительно небольшое, менее 4000 лет назад. Тем не менее, «метод Животовского» не дает рекомендаций, на каких временных показателях его применять. Хаммер с Животовским в цитированной выше статье ("Response") считают, что этот метод следует применять при временах примено 1000 лет назад, и, естественно, ранее. В данных двух случаях «метод Животовского» дал бы для популяций субкладов R-P312 и R-L21 времена общего предка 9030 и 8300 лет назад. При таких величинах интерпретация исторических событий была бы совершенно сдвинута. Вот так она и оказалась сдвинутой в недавней работе Андерхилла и Животовского с сотр. (Underhill et al, 2009), в которой времена жизни предков популяций субклада R1a1a7* 2600 лет назад были представлены как 8000 лет назад (как раз обычное 300%-ное завышение этих авторов), общие предки русских гаплогруппы R1a1a*, как оказалось, жили 8700 лет назад, иранцев - 9400 лет назад, поляков - 11300 лет назад, кавказцев - 12200 лет назад, и так далее. Мало того, что эти цифры не имеют никакого отношения к реальности, но на их основании авторы опять
- в который раз! - утверждают, что «никакого «потока» гаплогруппы R1a1 из Восточной Европы в Азию, в том числе в Индию, не было, во всяком случае со времен среднего голоцена» (то есть за последние 7-8 тысяч лет).
Остается только поражаться не только сплошным ошибкам авторов цитируемой статьи, но и отсутствию их представлений об археологии, о том, что уже давно опубликованы данные о нахождении ископаемых R1a1 в андроновской культуре (Северный Казахстан, Южный Урал, Южная Сибирь). О том, что гаплотипы R1a1 у этнических русских и индийцев практически идентичны. Иначе говоря, грубые ошибки Л. Животовского в методологии расчетов переходят уже в системное искажение истории.
Еще пример. Приведенные выше величины 3950±400 и 3600±370 лет назад показывают, что в те времена имело место равномерное и неуклонное заселение Европы носителями гаплогруппы R1b1b2. Интересно, что в те же самые времена популяция R1a1 практически исчезает из Европы, и вновь заселяет Европу только 2600-3000 лет назад и позднее, а именно 2725±300 лет назад для центрально-европейской ветви R1a1, 2575±300 для западнославянской ветви, 2800±350 для северокарпатской ветви, 2750±370 для западно-евразийской ветви, 2600±290 для балто-карпатской ветви, 2550±320 для южной Евразийской ветви, 2150±300 для западно-карпатской ветви, и так далее (Рожанский и Клёсов, 2009). «По Животовскому», первые R1a1 в Европе должны были появиться не 10-12 тысяч лет назад, а 25-30 тысяч лет назад, что противоречит здравому и историческому смыслу, в той же степени, в какой гаплогруппа I1 должна была появиться в Европе не 21400 лет назад, а 60 тысяч лет назад. И это только I1, не говоря об I2 и родительской I.
Возвращаемся к равномерным, симметричным деревьям. Ясно, что «метод Животовского» по своей сути к ним не подходит. Никаких генетических дрейфов там не выражено, четко выявляется один общий предок, и никаких оснований занижать скачком скорость мутации нет.
В древних популяциях, как правило, из-за вымирания многих ДНК- генеалогических линий, дерево гаплотипов выглядит как набор «обрубков» ветвей. Это обрубки - результат сдвигов в базовых гаплотипах, результат «бутылочных горлышек» популяции. У каждой из этих ветвей есть свой общий предок со своим базовым гаплотипом. Из набора этих базовых гаплотипов рассчитывается время жизни общего предка для всего дерева.
Например, в статье (Клёсов, 2009a) рассматривались гаплотипы гаплогруппы А (рис. 3). В статье показано, что дерево состоит из двух ветвей, у каждой свой базовый гаплотип, со временами до общего предка 4050±450 лет назад и 20650±2200 лет назад. Общий предок обеих ветвей жил примерно 28200 лет назад.
«Метод Животовского» не дал бы этой информации, не дал бы структуры дерева, а просто показал бы, что общий предок жил 19900 лет назад. Счет был бы от некого фантомного гаплотипа, соответствующего фантомному общему предку, и получился бы фантомный результат. Естественно, была бы приведена огромная погрешность, где-то от 5 тысяч до 40 тысяч лет назад, и вопрос бы считался решенным.
Читатель может подумать, что данные «по Животовскому» всегда получаются заниженными. Ничего подобного. Они могут оказаться любыми. Никакой связи с реальностью они не имеют. В зависимости от числа гаплотипов и формы дерева они могут гулять по любому мыслимому диапазону. Вообще все расчеты Л. Животовского и тех, кто имеет несчастье использовать его «метод», можно свести к одной фразе - просто сообщать «это происходило давно». Во всяком случае, это будет точнее и научнее.
Вот еще один пример, гаплотипы гаплогруппы В. Их известно немного, в базе данных Ysearch оказалось всего 15 (рис. 4). Анализ четырех базовых гаплотипов дерева проведен в работе (Клёсов, 2009b), и было найдено, что общий предок дерева жил примерно 25900 лет назад.
Если бы считать не по ветвям, а чохом (как и проводится по «методу Животовского»), то получилась бы неверная величина 19400 лет до общего предка. Как правило, счет «чохом», на круг, «омолаживает» общего предка. Что делает Л. Животовский? Берет этого «омоложенного» предка, и делит на некий фактор, постоянный для всех случаев и для гаплотипов любой длины. В случае гаплотипов гаплогруппы В получилось бы 29800 лет. Это уже больше, чем 25900 лет при счете по ветвям. Разница в данном случае относительно невелика, 4 тысячи лет, но могла бы быть любой.
При таком «счете по Животовскому» игнорируется, что гаплотипы разной длины имеют разную среднюю скорость мутаций, что нужно вводить поправку на возвратные мутации, которая прогрессивно возрастает с увеличением времени до общего предка, что предок может быть один, или ветвей может быть несколько, что среди них могут быть совсем недавние ветви, и могут быть ветви дочерние от других ветвей самого дерева. Все это игнорируется, и делится на некий постоянный для всех случаев фактор. Он просто призван «удревнить предка», насколько - не важно. Все равно никто не проверит.
Проверили. Оказалось, метод Животовского - одна большая сплошная ошибка. Он ведет «счет» типа как у древних индейских племен: один, два, три, а что выше - «много». Вот у него и есть «много», а сколько - неважно. Все равно никто не проверит.
Да, но как же «калибровка»? Взглянем, какая там была калибровка. «Калибровка по Животовскому»
«Калибровка по Животовскому»
Открываем «часто цитируемую статью» (Zhivotovsky et al, 2004). Читаем для начала резюме статьи. В нем - две фразы. В первой фразе оно сообщает, что «Мы установили эффективную скорость мутации на усредненном тандемном локусе Y-хромосомы 0.00069 в расчете на 25 лет, со стандартным отклонением 0.00057». Для начала неплохо. Правда, в академических статьях цитируют 0.00069, но не цитируют, что стандартное отклонение равно почти 100%, точнее, 83%. То есть в диапазоне от 0.00126 до 0.00012, более чем в десять раз. Величина 0.00126 уже близка к 0.00147 для 6- маркерных гаплотипов, с которыми Животовский в той статье и работал, только 14% разницы. Наверное, эту цифру и получил бы, если бы не манипулировал с гаплотипами по своему произволу. К этому мы еще вернемся.
Вторая фраза в резюме - «Это значение мы использовали для определения времен экспансии африканских банту, дивергенцию полинезийских популяций (маори, островов Кука, и самоанцев), и происхождение популяции цыган из Болгарии».
Посмотрим, как и что они использовали.
Африканские банту
Раздел «Материалы и методы». Смотрим про африканских Банту. Читаем - «анализировали 148 человек гаплогруппы Е3а7-М191», перечисляются племена, сообщается, что анализ проводили по 10-маркерным гаплотипам. Раздел «Результаты». Данных по Банту нет, они вообще в данном разделе не упломинаются.
Раздел «Обсуждение». Банту не упоминаются.
Раздел «Применение». Говорится, что применили полученную величину 0.00069 к популяции Банту, чтобы посмотреть, как это коррелирует с археологическими, лингвистическими и историческими данными. Далее говорится, что если усреднить по всем 11 племенам и популяциям, перечисленным в разделе «Материалы и методы», то получится 3400±1100 лет до «экспансии» Банту в подгруппе со снипом М191. И далее - «археологические и лингвистические данные поддерживают это значение, поскольку показывают присутствие Банту в Западной Африке в неолитические времена, ~ 1000 лет до нашей эры, или даже 2000 лет до нашей эры». И далее - «Величина 3400 лет назад может рассматриваться как нижняя граница для времен экспансии Банту........... Если мы возьмем наиболее частые гаплотипы среди тех 148 хромосом как предковые, и приложим к
ним величину 0.00069, то время для М191 получится 14700 лет.................... В этом
случае, экспансия Банту могла произойти ранее, чем 3500 лет назад». И далее идут долгие рассуждения с неопределенной концовкой.
Если это «калибровка», то что такое НЕ калибровка.
К сожалению, исходные данные (гаплотипы) в статье не приведены, ссылка статьи, что они «в сети», не дает никакого линка. Я могу только заключить, что рассматриваемая популяция Банту молодая, не более 1000-1200 лет до общего предка, как это часто бывает с африканскими полуляциями, только недавно прошедшими очередное бутылочное горлышко. Ни к каким археологическим или лингвистическим данным это не имеет никакого отношения. Рассуждения в статье не имеют никакого значения в отношении рассматриваемого вопроса. Никакой «калибровки» не было и близко.
Полинезийцы
В разделе «Материалы и методы» сообщается, что у авторов были 22 гаплотипа маори и 23 гаплотипа с островов Кука, с мутацией М208 гаплогруппы С2, и эти данные действительно приведены в Таблице 1 в статье в виде серии 10-маркерных гаплотипов у всех маори, 10 и 7- маркерные гаплотипов у островитян Кука, и 10-маркерных гаплотипов у четырех самоанцев. Далее, сообщается, что маори прибыли в Новую Зеландию не позднее, чем 800 лет назад, что именно эта величина будет далее использована в статье (то есть 32 поколения назад, поскольку авторы брали 25 лет на поколение).
Применяя квадратичный метод, авторы показали, что среднее число мутаций на маркер у маори и островитян Кука равно 0.00998, при этом самоанцев в расчет не включали, а маори и островитян считали по 7- маркерным гаплотипам. По 10-маркерным расчета (у маори, или маори и самоанцев вместе) не было. На основании этого авторы посчитали, что скорость мутации равна 0.00998/32 = 0.000312.
Как видно, это вовсе не 0.00069, а даже в два раза медленнее. Далее авторы заключили, что это скорее всего недооценка, и опять пустились в долгие и вязкие рассуждения, почему это может быть недооценкой. На этом «калибровка» этой серии гаплотипов была завершена.
Болгарские цыгане
Авторы сообщили - со ссылками - что цыгане прибыли в Европу 900-1000 лет назад, и что они были зафиксированы в Болгарии ~ 700 лет назад (то есть ~ 28 поколений - АК). Далее они сообщили, что анализировали 179 гаплотипов из 12 цыганских таборов в Болгарии, и что все гаплотипы имели снип М82. Далее, один гаплотип (единственный из табора Даракчи) был исключен, потому что оказался нечетным, и усреднение по всем 8- маркерным гаплотипам дало в среднем 0.01272 мутаций на маркер, и 0.01272/28 = 0.000454 как средняя скорость мутаций на маркер. Заметим, что это опять заметно ниже, чем якобы «калиброванная» 0.00069. Авторы опять стали обсуждать, что это должна быть «недооценка».
После этого авторы решили пересчитать данные, внеся коррективы в исходные серии гаплотипов, а именно внеся «веса» в гаплотипы полинезийцев, и сняв ряд гаплотипов цыган. Это привело авторов к «корректировке» средней скорости мутаций в серии полинезийцев от 0.000312 до 0.000705 (!), то есть более чем в два раза. Более того, с учетом погрешности таких поправок величина средней скорости мутации стала равна 0.000705±0.000332, со стандартным отклонением по маркерам 0.00078, то есть выше, чем сама скорость мутации.
В отшении цыган авторы решили, что один табор - «Музыканты» - очень «гетерогенный», потому что их гаплотипы отличаются на две аллели в шести гаплотипах из 19 от наиболее распространенного гаплотипа. Так что «Музыкантов» сняли со счета, все 19 гаплотипов, и опять ввели «веса» по размеру популяции (что совершенно нельзя делать в случае вполне однородной серии гаплотипов, и нельзя было делать в этом конкретном случае). Получили среднюю скорость мутации 0.000725±0.000187. То есть сблизили полученные величины для полинезийцев и цыган.
Если это «калибровка», тогда непонятно, что такое «калибровка» в понимании авторов.
Наконец, используя такие же подходы, а именно вводя «веса», авторы посчитали данные для 52 популяций по всему миру, взяв данные из литературы, и получили для средней величины скорости мутации 0.000638±0.000109. Непонятно, как это может рассматриваться как «калибровка», потому что средний возраст 52 популяций в мире определить просто невозможно.
В статье это не пояснено, но описано в общих словах, что это делалось с привлечением аутосомальных данных для трех- и четырех-нуклеотидных повторов, для которых скорости мутации равны, как полагают авторы, 0.00070 и 0.00071, соответствено. Конкретных данных не показано.
Это, конечно, никакая не калибровка. Это - подгонка.
А какие скорости мутаций на самом деле применимы для полинезийцев и цыган, если не изымать гаплотипы и не вводить никаких «весов»? Давайте определим.
Рассмотрение гаплотипов полинезийцев и цыган без всяких «эволюционных» манипуляций
Полинезийцы
У полинезийцев - маори (Новая Зеландия), жителей островов Кука, и самоанцев - в таблице 1 в цитируемой статье суммарно было определено 37
10- маркерных гаплотипов. Дерево гаплотипов приведено на рис. 5.
Из дерева гаплотипов неясно, один предок или несколько. Проверим по критерию сходимости линейного и логарифмического методов.
Базовый гаплотип (в формате FTDNA плюс DYSA72, он же DYS461):
14- 20-16-10-Х-Х-Х-15-13-12-12-30 -- 9
от которого все 37 гаплотипов имеют 49 мутаций. Константа скорости мутации для указанных 10-маркерных гаплотипов равна 0.0018 мутаций на маркер на поколение (25 лет) (Klyosov, 2009a). Таким образов общий предок всех 37 гаплотипов жил 49/37/10/0.0018 = 74 поколения (без поправки на возвратные мутации), или 80 поколений, то есть 2000±350 лет назад (с поправкой).
На дереве - 8 базовых гаплотипов (на вершине верева). Это дает ln(37/8)/0.018 = 85 поколений (без поправки) или 93 поколения, то есть 2325 лет (с поправкой). Это - в пределах погрешности расчетов. На самом деле разница в 16% между логарифмическим и линейным методами может означать небольшую примесь потомков еще одного общего предка в серии, но погрешность от этого, как мы видели, невелика.
Если же попытаться использовать «скорости Животовского» 0.00069 мутаций на маркер на поколение, то получится 49/37/10/0.00069 = 192 поколения до общего предка, то есть 4800 лет до общего предка рассматриваемой группы гаплотипов. Напомним, что авторы цитируемой статьи использовали время прибытия 800 лет назад. Потому и получили до смешного малую среднюю скорость мутации. Действительно, по данным авторов до введения их манипуляций скорости была равна 0.000312, то есть в 5.8 раз ниже использованной нами скорости 0.0018 мутаций на маркер, рассчитанной по данным Чандлера и проверенной на многих популяциях, в том числе и на данных классической генеалогии. Использованная ими величина 800 лет до прибытия полинезийцев тоже в 6 раз ниже отпределенной нами (с их величинами скоростей) 4800 лет до общего предка.
Вот такая цена «калибровки» Л. Животовским. Им была взята неверная величина, и по неверной «откалибровано».
Болгарские цыгане
Гаплотипы цыган были определены у 179 человек из двенадцати болгарских таборов (Zhivotovsky et al, 2004). На удивление, у всех гаплотипы похожи, явно от общего предка. Напрашивается объяснение, что в средние века в Болгарию пришел очень ограниченный контингент цыган, может, всего один табор. Остальные, видимо, не прошли «бутылочное горлышко» популяции, и всего один патриарх дал выжившее потомство. Или патриархами были близкие родственники.
Рассмотрим гаплотипы цыган в 6- и 8-маркерном вариантах, чтобы сделать пример еще более наглядным, и проверить воспроизводимость нашего подхода. В цитированной статье были приведены 8-маркерные гаплотипы, но с произвольными удалениями, как показано выше.
6-маркерные гаплотипы
В наиболее многочисленном таборе «Рудари» 62 человека из тестированных 67 имели следующий гаплотип:
15-12-22-10-11-12
Этот же гаплотип имели 12 из 13 человек табора «Кальдераш», 9 из 24 человек табора «Лом», все четверо тестированных из табора «Торговцы», 20 из 29 из табора «Калайджи», 12 из 19 из табора «Музыканты». В остальных гаплотипах мутаций тоже мало. Ясно, что гаплотипы «молодые», и им действительно всего несколько сотен лет.
Всего на 179 гаплотипов тестированных цыган пришлось 34 мутации, что дает 34/179/0.0088 = 22±4 поколений до общего предка, то есть 550±100 лет назад. Действительно, средние века.
Сравним с расчетом по остаточным базовым гаплотипам. Их - 146 из всех 179. Это соответствует 23±3 поколению до общего предка (ln 179/146, деленное на 0.0088), или 575±75 лет назад. Практически то же самое время.
Итак, и у цыган нормальная ДНК-генеалогия, при которой имеется весьма жесткое соответствие между числом убывающих базовыми гаплотипов и накоплением мутаций в их производных.
Из независимых источников, присутствие цыган в Болгарии было отмечено 700 лет назад (Zhivotovsky et al, 2004). Однако, эти сведения не обязательно точны, они могут относиться к другим цыганам, не обязательно гаплогруппы Н1, потомство у первых цыган могло не выжить, и так далее. Тем не менее, 550-575 лет назад - это вполне удовлетворительное совпадение.
8-маркерные гаплотипы
При переходе к 8-маркерным гаплотипам базовым гаплотипов стал следующий:
15- 12-22-10-11-12 -- 14-16
где последние два - маркеры DYS389-1 и 389-2. Они добавили во всех 179 гаплотипах 25 мутаций, то есть стало 59 мутаций. Это дает 59/179/8/0.00163 = 25±4 поколений до общего предка, то есть 625±100 лет назад. Практически то же самое, что и для 6-маркерных гаплотипов (34/179/0.0088 = 22±4 поколений до общего предка, то есть 550±100 лет назад).
В 80-маркерной серии - на 20 базовых гаплотипов меньше, чем в 6- маркерной серии, то есть 126. Получаем ln(179/126)/0.013 = 27±4 поколений до общего предка. Практически та же самая величина, 675±100 лет до общего предка.
Остается только гадать, как Л. Животовский получил примерно такую же величину (700 лет) при величине средней скорости мутации 0.000454, которая после некоторых манипуляций превратилась в 0.000725, а потом и в 0.00069.
Вот такая цена его «калибровкам».
Послесловие
Осталось с интересом перечитать слова Хаммера и самого Животовского в их последней статье (октябрь 2009): «При изучении вариаций в гаплотипах ... в популяциях с документированными непродолжительными хронологиями, они пришли к выводу об эволюционных эффективных скоростях мутации 0.00069 за 25 лет... (Zhivotovsky et al, 2004). ... (то есть эти эффективные скорости были калиброваны за период времени примерно 1000 лет). С 2004 года этот подход был применен исследователями и критически рассмотрен в научной литературе» (например, Arredi et al.
2004; Di Giacomo et al. 2004: Gayden et al. 2007; Sengupta et al. 2006; Xue et al. 2005; Zhivotovsky and Underhill 2005).
Посмотрим, как, например, первый автор в этом списке «критически» рассматривал «метод Животовского». Она рассматривали популяции в Северной Африке, и решили рассчитать время до общего предка. Опять повторив мантру про "effective mutation rate calibrated by historical events (Zhivotovsky et al, 2004)" (мы сейчас знаем, что это была за «калибровка»), они получили для гаплогруппы E3b2 величину 6900 лет до общего предка. Видимо, «критическое рассмотрение» состояло в том, что, не доверяя «методу Животовского», они пересчитали эти данные с помощью метода Кайзера для пар отец-сын, но, чтобы подтянуть данные к «методу Животовского», взяли для результатов «по Кайзеру» уже 30 лет на поколение. Получили 4200 лет до общего предка. Взяли бы 25 лет на поколение, как у Л. Животовского, получили бы 3500 лет для гаплогруппы E3b2, а не 6900 лет. В итоге авторы составилт таблицу, в которой дали две колонки цифр - одну «по Животовскому», с поколением в 25 лет, другую «по Кайзеру», с поколением в 30 лет. «По-Животовскому» везде было в два раза выше. Так параллельно и обсуждали, не имея понятия, какие цифры им стоит обсуждать. К заключению о том, какие времена правильнее, так и не пришли. Видимо, это и есть «критическое рассмотрение».
Вот так рождаются басни про «калибровку» и «критическое рассмотрение». Хороший пример манипуляций и подтасовок в академической науке. Хороший пример того, чего нужно сторониться.
В итоге в этой части «академической науки» создалась некая эшелонированная оборона, в которой действует «циклический аргумент» о том, что якобы метод проверен и «калиброван», критически рассмотрен в литературе и таким образом доказан. Поскольку в этой «академической науке» задействованы авторитеты, то мало что понимающие в расчетах, «популяционные генетики» бездумно цитируют дефектный подход, что в свою очередь подается авторитетами как «критическое рассмотрение» и дополнительное обоснование метода. На самом деле не было ни калибровки, ни обоснования, ни критического разбора. Точнее, критический разбор был, и не один (см., например, Klyosov, 2008, Dienekes,
2008) . Недавний был озаглавлен «How Y-STR variance accumulates: a comment on Zhivotovsky, Underhill and Feldman (2006)» http://dienekes.blogspot.com/2008/07/how-y-str-variance-accumulates- comment.html
Более того, этот подход уже давно служит предметом насмешек среди людей, понимающих в расчетах, например, на Форуме RootsWeb, но
«авторитеты» эти обсуждения игнорируют, продолжая говорить о «калибровке» и «критическом разборе». Мотив простой - эта критика не была опубликована в «академической печати».
Наконец, критика опубликована (Klyosov, 2009b). Ответ авторов «подхода» и тех, кто его применяет, последовал (Hammer, 2009).
Ответ авторов (Hammer et al, 2009b)
Что же в ответе? Восемь положений. Что же посчитали главным авторы ответа?
1) Оппонент (то есть я) выступил с критикой слишком быстро, что «не есть в интересах основательного научного процесса».
2) В свой критике я ссылаюсь на недоступные и неопубликованные работы (в печати в JoGG)
3) Использую нестандартную терминологию, как, например, «логарифмический» и «линейный» методы.
4) Я сделал неверный вывод, что гаплотипы образуют «генеалогию» и к ним могут применяться «генеалогические» подходы (то есть не «популяционные».
5) Я не учитывал «генетический дрейф» или «никакие другие особенности мутаций в микросателлитах».
6) Авторы не знают, насколько мой метод применим к их системе.
7) Применяемый метод Животовского правильный, откалиброван и критически рассмотрен в научной печати.
8) Применяемые мной «деревья гаплотипов» являются интересными и могут быть в высшей степени полезными, но к ним нужно относиться с «большой осторожностью».
Положение (1), конечно, вызывает смех. Авторы, видимо, не в курсе, что «метод Животовского» уже давно вызывает насмешки, что я его давно и детально разобрал (что и делаю опять в данной статье), и на это описание не нужно времени.
Положение (2) можно было бы принять, если бы не русскоязычные Л. Животовский и Т. Карафет в авторах. Один вопрос мне в частной переписке, если они не умеют пользоваться Интернетом, и я бы дал им ссылки на работы, на которые они легко могли бы взглянуть. Мог бы и выслать. Если бы они хотели. Но желания, явно, не было.
Положение (3) - авторы просто не владеют предметом. Логарифмический метод в химической кинетике существует уже десятки лет. Он подробно и в азбучном варианте изложен в учебнике И. В. Березина и А.А. Клёсова «Практический курс химической и ферментативной кинетики», который уже более 30 лет служит основных учебником по данному предмету для университетов. Опять - короткий вопрос со стороны ЛЖ или ТК, и они узнали бы для себя много нового. Но не захотели.
Положение (4) - авторы просто не поняли, о чем речь. А речь о том, что дерево гаплотипов можно разложить по ветвям, и к каждой ветви приложить «генеалогический подход» и «генеалогическую скорость мутаций». А вот обрабатывать все дерево чохом, как делают авторы, неверно.
Положение (5) - авторы опять не поняли, что разложение дерева по ветвям
- это и есть учет «генетического дрейфа».
Положение (6) - в моем «Комментарии» всё описано. Авторы просто не захотели, или не смогли разобраться.
Положение (7) - неверно и подтасовочно. В настоящей статье я это еще более подробно описал.
Положение (8) - наконец-то разумные слова. Следует, правда отметить, что к «методу Животовского» слова про «осторожность», по мнению авторов, видимо, неприменимы. Там осторожность не нужна. Это только к другим авторам относится.
Воистину, двойной стандарт еще и забавен.
Хочу еще раз подчеркнуть, что вклад авторов в биологическую сторону вопроса сомнению не подлежит. Я с большим уважением отношусь к значимости - в большой степени - создания ДНК-генеалогии авторами. Но когда авторы полагают, что они владеют истиной и в отношении количественных методов обработки мутаций в гаплотипах, что определенно НЕ их сильная сторона, когда занимаются подтасовками, искажениями и преувеличениями, то мое уважение к ним сильно падает. Хотя авторам есть оправдание - их фактически ввел в заблуждение метод Л. Животовского, которому они просто доверились. Вред, который последний нанес ДНК-генеалогии свои «методом», еще будет оценен, и будет определенно оценен как вред немалый.
Литература
Клёсов, A.A. (2008). Основные положения ДНК-генеалогии (хромосома Y), скорости мутаций, их калибровка и примеры расчетов. Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии (ISSN 1942-7484). т. 1, №2, 252 - 348.
Клёсов, А.А. (2009a) Гаплотипы «африканской» гаплогруппы А. Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии (ISSN 1942-7484), т. 2, №5, 896-899.
Клёсов, А.А. (2009b) Гаплотипы «африканской» гаплогруппы В. Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии (ISSN 1942-7484), т. 2, №5, 900-901.
Arredi, B., Poloni, E.S., Paracchini, S., Zerjal, T., Fathallah, D.M., Makrelouf, M., Pascali, V.L., Noveletto, A., Tyler-Smith, C. (2004) A predominantly Neolithic origin for Y-chromosomal DNA variation in North Africa. Am. J. Hum. Genet., 75, 338-345.
Athey, W. (2009) Introduction to a special section on alternative methods of analysis for Y-STR clusters and the determination of the time to the most recent common ancestor. J. Genet. Geneal. 5, 131-136.
Hammer, M.F., Behar, D.M., Karafet, T.M., Mendez, F.L., Hallmark, B., Erez, T., Zhivotovsky, L.A., Rosset, S., Skorecki, K. (2009a) Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and unique lineages of the Jewish priesthood. Hum. Genet. , 126, No. 5, 707-717.
Hammer, M.F., Behar, D.M., Karafet, T.M., Mendez, F.L., Hallmark, B., Erez, T., Zhivotovsky, L.A., Rosset, S., Skorecki, K. (2009b) Response. Hum. Genet. , 126, No. 5, 725-726.
Klyosov, A.A. (2008) Basic rules of DNA Genealogy (Y chromosome). Mutation rates and their calibration. Proc. Russian Academy of DNA Genealogy, 1, 3-53.
Klyosov, A.A. (2009a) DNA Genealogy, mutation rates, and some historical evidences written in Y-chromosome. I. Basic principles and the method. J.
Genetic Genealogy, 5, 186-216.
http://www.jogg.info/52/files/Klyosov1.pdf
Klyosov, A.A. (2009b) A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and unique lineages of the Jewish priesthood by M.F. Hammer, D.M. Behar, T.M. Karafet, F.L. Mendez, B. Hallmark, T. Erez, L.A. Zhivotovsky, S. Rosset, K. Skorecki, Hum. Genet. , 126, No.5, 719-724.
Underhill, P.A., Myres, N.M., Rootsi, S., Metspalu, M., Zhivotovsky, L.A., King, R.J. et al (2009) Separating the post-Glacial coancestry of European and Asian Y chromosomes within haplogroup R1a. Eur. J. Human. Genet., advance online publication, 4 November 2009, doi: 10.1038/ejhg.2009.194
Zhivotovsky, L.A., Underhill, P.A., Cinnoglu, C., Kayser, M., Morar, B., Kivisild, T., Scozzari, R., Cruciani, F., Destro-Bisol, G., Spedini, G., et al. (2004). The effective mutation rate at Y chromosome short tandem repeats, with application to human population-divergence time. Am. J. Human Genet. 74, 50-61.
