Калькулятор Килина-Клёсова предназначен для расчета времен до
общих предков (TMRCA) и получил своё название по фамилиям разработчиков –
Анатолия А. Клёсова и Владимира В. Килина. Первая версия калькулятора
была описана в Вестнике Академии ДНК-генеалогии за март 2014 года. Затем
к ней добавились некоторые важные функции. Предыдущая версия
калькулятора включала 111 индивидуальных маркеров и позволяла проводить
расчеты по любым комбинациям маркеров (6-, 12-, 17-, 25-, 37-, 67-,
111-маркерным гаплотипам и любым промежуточным вариантам, как, например,
7-, 8-, 9-, 10-, 23- и другим). Для этого нужно просто разместить
колонки аллелей под соответствующими маркерами, и калькулятор показывает
значение TMRCA и соответствующую погрешность расчета. Пустые колонки
калькулятор пропускает.
Максимальное количество гаплотипов для размещения в калькуляторе (методом copy and paste в формате Excel) было 2000. Можно использовать смешанные форматы гаплотипов, потому что калькулятор считает «по вертикали», то есть по колонкам маркеров, и усредняет расчеты по каждому маркеру. При этом неважно, сколько аллелей размещено в каждом маркере, главное, чтобы их было не более 2000. Расчеты ведутся квадратичным методом, поэтому не нужно вводить поправку на возвратные мутации.
Однако со временем первая версия калькулятора Килина-Клёсова устарела. Места для 2000 гаплотипов уже порой мало, например, в серии гаплотипов субклада R1b-L21 насчитывается 3466 гаплотипов в 111-маркерном формате, в серии гаплотипов гаплогруппы R1a (база данных IRAKAZ) – 4769 гаплотипов. Но главное – в калькуляторе не было своего внутреннего, независимого проверочного аппарата. Что получалось – то и получалось, для данной подборки индивидуальных констант скоростей маркеров. Конечно, проверить можно было по доступным документальным данным, и калькулятор давал вполне удовлетворительные результаты (это также описано в Вестнике за март 2014 года).
Во второй версии калькулятора встроен алгоритм расчета по линейному методу (ЛМ). Счет идет автоматически, но в калькуляторе есть панель числа мутаций по всей серии аллелей по каждому маркеру. Если есть желание проверить расчет по всей серии гаплотипов, то легко, используя функцию «сумма», высветить все необходимые маркеры и тут же прочитать сумму мутаций, разделить ее на число гаплотипов и на суммарную константу скорости мутации, ввести поправку на возвратные мутации, и получить TMRCA. То же число TMRCA намного раньше появляется в окошке калькулятора. Поправка на возвратные мутации вводится калькулятором автоматически. Естественно, для линейного метода гаплотипы должны быть в одном формате. Для того, чтобы сделать контроль многопараметровым, калькулятор одновременно показывает на дисплее линейные расчеты по 111-, 67-, 37-, 25-, 17-, 12- и 6-маркерным гаплотипам, а также «медленным» 22-маркерным гаплотипам, и по двум расчетам «квадратичным» методом (с использованием индивидуальных маркеров) – по 111-маркерной панели (и по гаплотипам любой протяженности, которые введены в калькулятор) и по «медленной» 22-маркерной панели гаплотипов. Если гаплотипы представлены только в 67-маркерном формате, счет идет только по ним, и дисплей для 111-маркерной панели дублирует 67-маркерную панель. Это же относится и к более коротким гаплотипам, все более «длинные» дисплеи дублируют более короткие, для представленного формата гаплотипов.
Подробно вторая версия калькулятора Килина-Клёсова описана в статье в Вестнике Академии ДНК-генеалогии за 2015 год, том 8, ном. 3. Эта версия является работающей, дает вполне удовлетворительные данные до датировкам общих предков серий гаплотипов разных гаплогрупп и в разных форматах гаплотипов, а также содержит внутренний контроль для сопоставления разных методов расчетов и по гаплотипам разных форматов.
Скачать калькулятор Килина-Клёсова v.2 (46,1 Mb)
Первые две строки, уже внесенные в калькулятор Килина-Клёсова – это просто демонстрация, куда начинать наслаивать гаплотипы. Для работы надо наслаивать (paste) поверх их.
источник
Максимальное количество гаплотипов для размещения в калькуляторе (методом copy and paste в формате Excel) было 2000. Можно использовать смешанные форматы гаплотипов, потому что калькулятор считает «по вертикали», то есть по колонкам маркеров, и усредняет расчеты по каждому маркеру. При этом неважно, сколько аллелей размещено в каждом маркере, главное, чтобы их было не более 2000. Расчеты ведутся квадратичным методом, поэтому не нужно вводить поправку на возвратные мутации.
Однако со временем первая версия калькулятора Килина-Клёсова устарела. Места для 2000 гаплотипов уже порой мало, например, в серии гаплотипов субклада R1b-L21 насчитывается 3466 гаплотипов в 111-маркерном формате, в серии гаплотипов гаплогруппы R1a (база данных IRAKAZ) – 4769 гаплотипов. Но главное – в калькуляторе не было своего внутреннего, независимого проверочного аппарата. Что получалось – то и получалось, для данной подборки индивидуальных констант скоростей маркеров. Конечно, проверить можно было по доступным документальным данным, и калькулятор давал вполне удовлетворительные результаты (это также описано в Вестнике за март 2014 года).
Во второй версии калькулятора встроен алгоритм расчета по линейному методу (ЛМ). Счет идет автоматически, но в калькуляторе есть панель числа мутаций по всей серии аллелей по каждому маркеру. Если есть желание проверить расчет по всей серии гаплотипов, то легко, используя функцию «сумма», высветить все необходимые маркеры и тут же прочитать сумму мутаций, разделить ее на число гаплотипов и на суммарную константу скорости мутации, ввести поправку на возвратные мутации, и получить TMRCA. То же число TMRCA намного раньше появляется в окошке калькулятора. Поправка на возвратные мутации вводится калькулятором автоматически. Естественно, для линейного метода гаплотипы должны быть в одном формате. Для того, чтобы сделать контроль многопараметровым, калькулятор одновременно показывает на дисплее линейные расчеты по 111-, 67-, 37-, 25-, 17-, 12- и 6-маркерным гаплотипам, а также «медленным» 22-маркерным гаплотипам, и по двум расчетам «квадратичным» методом (с использованием индивидуальных маркеров) – по 111-маркерной панели (и по гаплотипам любой протяженности, которые введены в калькулятор) и по «медленной» 22-маркерной панели гаплотипов. Если гаплотипы представлены только в 67-маркерном формате, счет идет только по ним, и дисплей для 111-маркерной панели дублирует 67-маркерную панель. Это же относится и к более коротким гаплотипам, все более «длинные» дисплеи дублируют более короткие, для представленного формата гаплотипов.
Подробно вторая версия калькулятора Килина-Клёсова описана в статье в Вестнике Академии ДНК-генеалогии за 2015 год, том 8, ном. 3. Эта версия является работающей, дает вполне удовлетворительные данные до датировкам общих предков серий гаплотипов разных гаплогрупп и в разных форматах гаплотипов, а также содержит внутренний контроль для сопоставления разных методов расчетов и по гаплотипам разных форматов.
Скачать калькулятор Килина-Клёсова v.2 (46,1 Mb)
Первые две строки, уже внесенные в калькулятор Килина-Клёсова – это просто демонстрация, куда начинать наслаивать гаплотипы. Для работы надо наслаивать (paste) поверх их.
источник
