Originally posted by 
mouglley_gen at Инструменты и программы в генетической генеалогии
Оригинал: Инструменты и программы в генетической генеалогии
Этой заметкой мы открываем новую серию записей, в которых мы будем давать краткое описание существующих инструментов генетического генеалога.Поговорим в начале о самых простых и самых новых инструментах.
GUI-wrapper этно-популяционного калькулятора DIY Dodecad.
http://www.y-str.org/tools/diy-dodecad-wrapper/
Многие люди жалуются на проблемы с пониманием принципов работы с калькуляторами Dienekes Dodecad, особенно что касается обработки файлов в программной среде R. Благодаря неистощимой креативности программистов-любителей генетической генеалогии был написан wrapper (на основе платформы Microsoft.NET), позволяющий работать с калькуляторам без использования R.
Запустите исполняемое приложение exe и перетащите свой файл с генотипами от 23andme/FTDNA в окно приложения.
Отработав все циклы, программа выведет в окно приложения таблицу с процентным соотношением компонентов в исследуемом индивидуальном наборе генотипов.
Chromosomal Segment Painter
Программа для раскрашивания предковых хромосомных сегментов
http://blog.kittycooper.com/2013/08/chromosome-mapping-tool-released/
Концепт этот онлайнового приложения похож на стандартный инструмент Family Inheritance в 23andme, с той лишь разницой, что в отличие от 23andme, количество цветов в палитре индивидуализации сегментов гораздо выше, и в принципе неограниченно.
Эта программа требует на входе файла CSV наличие определенных заголовок, столбцов, содержания, перечисленных, с учетом регистра и в любом порядке. Первоначально этот инструмент был задуман для изображения общих по происхождению ДНК сегментов в геномах лиц, чье родство было заведомо известно, а не для поиска перекрывающихся ДНК-сегментов нескольких групп неизвестных родственников.
В принципе, программа будет работать в обеих случаях. Последняя версия программы будет работать с загруженными из DNAgedcom файлами CSV или с любым файлом CSV, содержающий отформартированный особым образом список людей и сегментов.
Рекомендуемый порядок работы с программой:
1) сначала нужно скачать CSV файл c координатами совпадающих сегментов с 23andme или FTDNA
2) осортировать в файле Excel крупные сегменты, и сохранить его как CSV,
3) затем запустить его в преобразователь, чтобы увидеть двадцатку ваших лучших совпадений.
Будущая версия будет иметь более широкую функциональность для отображения нескольких неизвестных родственников ДНК, которые разделяют перекрывающиеся сегменты ДНК с вами. Причем если в настоящее время отображаются только две линий, то в будующем таких линий будет больше.
Чтобы лучше понять концепцию отображения сегементов хромосмоы, прочитайте статью вики на сайте ISOGG про отображение.
mouglley_gen at Инструменты и программы в генетической генеалогииОригинал: Инструменты и программы в генетической генеалогии
Этой заметкой мы открываем новую серию записей, в которых мы будем давать краткое описание существующих инструментов генетического генеалога.Поговорим в начале о самых простых и самых новых инструментах.
GUI-wrapper этно-популяционного калькулятора DIY Dodecad.
http://www.y-str.org/tools/diy-dodecad-wrapper/
Многие люди жалуются на проблемы с пониманием принципов работы с калькуляторами Dienekes Dodecad, особенно что касается обработки файлов в программной среде R. Благодаря неистощимой креативности программистов-любителей генетической генеалогии был написан wrapper (на основе платформы Microsoft.NET), позволяющий работать с калькуляторам без использования R.
Запустите исполняемое приложение exe и перетащите свой файл с генотипами от 23andme/FTDNA в окно приложения.
Отработав все циклы, программа выведет в окно приложения таблицу с процентным соотношением компонентов в исследуемом индивидуальном наборе генотипов.
Chromosomal Segment Painter
Программа для раскрашивания предковых хромосомных сегментов
http://blog.kittycooper.com/2013/08/chromosome-mapping-tool-released/
Концепт этот онлайнового приложения похож на стандартный инструмент Family Inheritance в 23andme, с той лишь разницой, что в отличие от 23andme, количество цветов в палитре индивидуализации сегментов гораздо выше, и в принципе неограниченно.
Эта программа требует на входе файла CSV наличие определенных заголовок, столбцов, содержания, перечисленных, с учетом регистра и в любом порядке. Первоначально этот инструмент был задуман для изображения общих по происхождению ДНК сегментов в геномах лиц, чье родство было заведомо известно, а не для поиска перекрывающихся ДНК-сегментов нескольких групп неизвестных родственников.
В принципе, программа будет работать в обеих случаях. Последняя версия программы будет работать с загруженными из DNAgedcom файлами CSV или с любым файлом CSV, содержающий отформартированный особым образом список людей и сегментов.
Рекомендуемый порядок работы с программой:
1) сначала нужно скачать CSV файл c координатами совпадающих сегментов с 23andme или FTDNA
2) осортировать в файле Excel крупные сегменты, и сохранить его как CSV,
3) затем запустить его в преобразователь, чтобы увидеть двадцатку ваших лучших совпадений.
Будущая версия будет иметь более широкую функциональность для отображения нескольких неизвестных родственников ДНК, которые разделяют перекрывающиеся сегменты ДНК с вами. Причем если в настоящее время отображаются только две линий, то в будующем таких линий будет больше.
Чтобы лучше понять концепцию отображения сегементов хромосмоы, прочитайте статью вики на сайте ISOGG про отображение.
