Наибольшие частоты U4 засвидетельствованы в нескольких популяциях на окраинах ее ареала, например у калашей Пакистана (34%), кетов долины Енисея (28%) и тубаларов (18%), также у уралоязычных народов Востока Европы и Западной Сибири (10%-15%). К настоящему времени внутри гаплогруппы U4 выделены ветви U4a, U4b, U4c и U4d. У финно-угорских и самодийских народов известно несколько линий U4a1 и U4a2.
Гаплогруппa U4a
Гаплогруппa U4b
У русских порядка половины всех U4 относится к U4a. Ветвь U4b древнее, ее возраст и область распространения приближаются к таковым у родительской гаплогруппы. Отметим, что отдельные ее субклады, например U4b3, составляют значительную долю западносибирского генофонда U4. Для восточной Европы в целом характерны повышенные по сравнению с Западной частоты U4, но особенно заметна эта тенденция в финно-угорских популяциях: так, доля U4 у коми достигает 17%, а в Поволжье обычно составляет 7%-10%. Русские по общей частоте U4 (около 5%) сходны с популяциями центрально-восточной Европы. В русской популяции представлены все корневые ветви U4, при этом до половины образцов принадлежит к U4a2.
Результаты исследований палеоДНК:
| Гаплогруппа | Возраст | N | Арх. культура, регион | Источник |
| U4 | 6,350 до н.э. | 1 | Spiginas (Kunda Culture), Литва | Bramanti et al. (2009) |
| U4 | 6,850 до н.э. | 1 | Bad Dürrenberg, Германия | Bramanti et al. (2009) |
| U4 | 3,500 до н.э. | 1 | Granollers (Catalonia), Испания | Sampietro et al. (2007) |
| U4 | 2,000 до н.э. | 1 | Xinjing Hami cemetery, Китайhttp://gentis.ru/info/mtdna-tutorial/hg-u/u4 |
