Темы

Австролоиды Альпийский тип Америнды Англия Антропологическая реконструкция Антропоэстетика Арабы Арменоиды Армия Руси Археология Аудио Аутосомы Африканцы Бактерии Балканы Венгрия Вера Видео Вирусы Вьетнам Гаплогруппы генетика Генетика человека Генетические классификации Геногеография Германцы Гормоны Графики Греция Группы крови Деградация Демография в России Дерматоглифика Динарская раса ДНК Дравиды Древние цивилизации Европа Европейская антропология Европейский генофонд ЖЗЛ Живопись Животные Звёзды кино Здоровье Знаменитости Зодчество Иберия Индия Индоарийцы интеллект Интеръер Иран Ирландия Испания Исскуство История Италия Кавказ Канада Карты Кельты Китай Корея Криминал Культура Руси Латинская Америка Летописание Лингвистика Миграция Мимикрия Мифология Модели Монголоидная раса Монголы Мт-ДНК Музыка для души Мутация Народные обычаи и традиции Народонаселение Народы России научные открытия Наши Города неандерталeц Негроидная раса Немцы Нордиды Одежда на Руси Ориентальная раса Основы Антропологии Основы ДНК-генеалогии и популяционной генетики Остбалты Переднеазиатская раса Пигментация Политика Польша Понтиды Прибалтика Природа Происхождение человека Психология Разное РАСОЛОГИЯ РНК Русская Антропология Русская антропоэстетика Русская генетика Русские поэты и писатели Русский генофонд Русь Семиты Скандинавы Скифы и Сарматы Славяне Славянская генетика Среднеазиаты Средниземноморская раса Схемы США Тохары Тураниды Туризм Тюрки Тюрская антропогенетика Укрология Уралоидный тип Филиппины Фильм Финляндия Фото Франция Храмы Хромосомы Художники России Цыгане Чехия Чухонцы Шотландия Эстетика Этнография Этнопсихология Юмор Япония C Cеквенирование E E1b1b G I I1 I2 J J1 J2 N N1c Q R1a R1b Y-ДНК

Поиск по этому блогу

суббота, 23 февраля 2013 г.

Осторожно: популяционные генетики

А. Клёсов

Предисловие

Предваряя статью таким названием, автор вовсе не имеет в виду, что все работы в области популяционной генетики ошибочные и совершенно бездарные. Нет, если они выполнены правильно, и вопросы поставлены правильные, и методология правильная, и альтернативные варианты ответов рассмотрены и последовательно и обосновано отведены, то с ними, этими работами, и их авторами все в порядке.

Беда в том, что такие работы мне лично пока не попадались, если они относились к рассмотрению древних миграций человека, истории популяций, датировок древних (или не очень древних) популяций, и даже корректных характеристик популяций, хотя уж последнее-то популяцион­ные генетики должны уметь делать.

Видимо, либо статьи с корректным анализом популяционных генетиков мне как-то не попадались, хотя я их читаю десятками, либо у меня другие представления о понятии «корректный анализ». И дело не во мне лично, поскольку мои коллеги с подобным естественно-научным образованием, как и у меня, пришли к тому же мнению относительно современного круга популяционных генетиков. Что-то системное с ними, современными попгенетиками, с уровнем их мышления, их школой, их ценностями в науке.


На днях коллега по международному форуму RootsWeb в полушутливой (но и в полусерьезной) форме предложил мне не нарушать традиций популяционной генетики (в том, что они называют «генетической генеалогией») и не требовать от попгенетиков доказательств выдвигаемых ими положений (в том случае это касалось Чингиз-хана, которому совершенно бездоказательно приписывают гаплотип, который якобы в больших количествах распространен по Евразии). Он сформулировал это в следующем виде:

The tradition requires to accept claims without evidence. Without this tradition the field of Genetic Genealogy couldn't exist. It's when you have evidence, then you have a problem. Evidence makes it is virtually impossible for

В переводе это звучит примерно так:

«Традиция (популяционной генетики) требует принимать положения без каких- либо доказательств. Без этой традиции область генетической генеалогии не может существовать. Напротив, когда у вас есть доказательства, вы создаете себе проблемы. Доказательства делают ваши положения практически невозмож­ными для рассмотрения (попгенетиками). Так что (это гаплотип) Чингиз-хана. Точка. «Любой это знает». То, что к этому нет доказательств, делает ситуацию значительно проще и понятней».

Шутки шутками, но устойчивая неспособность (или нежелание, или отсутствие добротной академической школы) к рассмотрению альтернатив­ных вариантов гипотез является яркой отличительной особенностью современной популяционной генетики (точнее, современных популяцион­ных генетиков) как в России, так и в других странах. Поражает примитив­ность «академических» статей попгенетиков, выхватывание одного какого- то фактора из совокупности многих, подгонка выводов под устоявшиеся положения, страх к свежим выводам и новым концепциям. Гаплотипы, при всем богатстве информации, в них заключенной, даже не рассматриваются. Поразительно, но во всей объемной книге Балановских «Русский генофонд на Русской равнине» (2007 г., 416 стр) не рассмотрено ни одного (!) гаплотипа. Это - современная популяционная генетика. И это при том, что к году выхода книги гаплотипы уже вовсю изучались и публиковались по меньшей мере десяток лет. Иначе говоря, авторы шли на публикацию заведомо устаревшей книги.

Устойчивая настороженность к подходам и выводам современной популяционной генетики у автора настоящей статьи появилась с самого начала возникновения их «теорий». Оказалось, что их «теории» и «выводы» очень часто основаны практически ни не чем. На чем, например, был основан вывод, за который попгенетики держались много лет - что носители гаплогруппы R1b якобы жили в Европе 30 тысяч лет назад? Я скажу, на чем - на том, что люди в Европе действительно жили в те времена. И они были просто «с потолка» отнесены к гаплогруппе R1b. Почему, на каком основании? Да на том, что они СЕЙЧАС там живут. А поскольку попгенетики обожают «теорию палеолитической непрерывно­сти» без ее критического осмысления, то из нее следует вывод, характерный для уровня мышления попгенетиков - раз живут сейчас, значит, жили раньше, и 30 тысяч лет назад. Непрерывность же, не так ли?

Кроме этого примитивного положения, НИ ЕДИНОГО основания к этим пресловутым 30 тысячам тысяч лет для гаплогруппы R1b в Европе выдвинуто не было - в том числе «отцами-основателями» - Хаммером, Семино (мать-основатель), Уэллсом и другими. Вот, например, цитата из книги Уэллса (Spencer Wells, "Deep Ancestry", 2006): "Around 30,000 years ago, a descendant of the clan making its way into Europe gave rise to marker M343, the defining marker of haplogroup R1b. These travelers are direct descendants of the people who dominated the human expansion into Europe, the Cro-Magnon''. То есть, что 30 тысяч лет назад образовалась гаплогруппа R1b, прямой потомок европейских кроманьонов. На основании чего получена датировка 30 тысяч лет назад для гаплогруппы R1b в Европе, и что якобы она была потомком кроманьонского человека? Анализировались гаплотипы носителей гаплогруппы R1b в Европе? Считались и рассчитывались мутации в гаплотипах? Проводились соответствующий экстраполяции? Нашли ископаемые гаплотипы R1b в Европе? Ничего этого и близко не было. Это - беспардонная ложь, если говорить напрямую. Цифра просто была придумана, и вошла в справочники. Придумано и про потомков кроманьонцев. Это - популяционная генетика, ее методология. На самом деле расчеты по гаплотипам гаплогруппы R1b в Европе показывают, что гаплогруппа появилась в Европе примерно от 4800 до 4500 лет назад, видимо, прибыв по нескольким направлениям, все исходно из Азии. Никаких кроманьонцев там отродясь не было.

Откуда у попгенетиков выводы, повторяемые много раз, что гаплогруппа R1a появилась 15 тысяч лет назад в южно-русских степях и пережидала ледниковый период в неком «украинском убежище»? Это приводится, в частности, в той же книге Wells, но откуда это появилось, на основании каких данных - ни слова. Цитирую: "Sometime between 10,000 and 15,000 years ago, a man of European origin was born in present-day Ukraine or southers Russia''. Несколько ранее, в статье 2001 года (Wells et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, No. 18, 10244-10249), относительно R1a-M17 он же писал - «M17... with an inferred age of ~ 15,000 years". "originating in Southern Russia/Ukraine''. Дело вовсе не в том, что статья старая, и что дело давнее, и что все ошибаются. Естественно, в науке ВСЕ ошибаются в той или иной степени. Вопрос не в том, а в том, откуда эти цифры появились? Анализировали гаплотипы, считали мутации? Естественно, нет, этого они делать не умеют. Просто шли на элементарную подтасовку, основывались не на гаплотипах, не на расчетах, а просто подгоняли под «общие соображения», выдавая это за науку. Это тоже популяционная генетика.

Именно потому, что анализировать гаплотипы попгенетики не умеют, появились якобы данные, что гаплогруппа R1a имеет «наибольшее
разнообразие» на Украине, и там, само собой, ее «прародина». Никаких данных на этот счет опубликовано не было, никакого разнообразия не представлено. Но понятие «украинская гаплогруппа R1a» уже пошло в ход. Wiik в своей статье ("Where did European men come from?", J. Genet. Geneal., 2008) повторил слова «украинская гаплогруппа R1a» 37 раз, я не преувеличиваю. На самом деле никакой древности гаплогруппы R1a на Украине нет, возраст практически один - что в Польше, что на Украине, в Белоруссии, в России. Никаких оснований называть гаплогруппу R1a «украинской», «польской» или «русской» нет. 

Но Wikipedia продолжает эти «трактовки» предлагать и сегодня. Вот, например:

>The European distribution of Y-chromosome haplogroup R1a has been suggested to have occurred as a result of receding glacial activity allowing males bearing the lineage from the present day territory of Ukraine to migrate and gradually populate central, northern, and western Europe.

Перевод - «Было предположено, что распределение гаплогруппы R1a в Европе оказалось результатом ухода ледников, что позволило носителям этой гаплогруппы мигрировать с территории Украины и постепенно заселить центральную, северную и западную Европу». Что было основанием для такого предположения? Судя по описанию, речь идет о временах примерно 12 тысяч лет назад. Откуда на Украине такие датировки для гаплотипов гаплогруппы R1a? Нет таких данных, и не было. Что за работа? Ответ - ссылка на статью Passarino et al, 2002 года в Eur. J. Hum. Genet. Сущие фантазии, ничем не подкрепленные. Популяционная генетика.

С гаплогруппой R1b в Wikipedia не легче. Цитата:

>It has been proposed that males from Haplogroup Hg P*(xR1a1) or R1b (Y- DNA) repopulated most of Europe shortly after the Last Glacial Maximum, related to population expansions out of the Franco-Cantabrian region (see also Ahrensburg culture).

Перевод - «Было предложено, что гаплогруппа R1b перезаселила большую часть Европы вскоре после последнего ледникового максимума, за счет экспансии популяции из Франко-Кантабрианского региона (см. также аренсбургскую культуру).

К сведению, аренсбургская культура - это верхнепалеолитическая культура на севере Европы, распространенная около 11 тыс лет назад на восток вплоть до Волги. То, что 11 тысяч лет назад носители R1b могли быть на Средней Волге, продвинувшись с востока - не исключено (Клёсов, 2010a), но причем здесь Франко-Кантабрианский регион? Ответ, впрочем, ясен -
пытались привязать басков, но без анализа гаплотипов. Если бы гаплотипы проанализировали - получили бы 3600 лет назад, но никак не 11 тысяч лет назад. R1b появились в Европе только через 6 тысяч лет. Кто автор сей работы? Ответ - Dupuy, статья 2006 года в журнале Forensic Science International. Чистые фантазии. Вот такая популяционная генетика. 

Популяционные генетики Кивисилд и Виллемс активно доказывают, что гаплогруппа R1a появилась в Индии, и оттуда ее носители ушли в Европу. Это они повторяют и в 2011 году, хотя уже известны более «глубинные» субклады гаплогруппы R1a1, причем известно, что хронология субкладов идет на понижение (то есть ближе к нашему времени) при переходе их носителей от Европы через Русскую равнину, и далее в Среднюю Азию, Индию, Иран. Не могли эти субклады идти против течения времени из Индии в Европу. Откуда такие «выводы»? Оттуда, что считали мутации «по Животовскому» (см. следующий абзац и далее в настоящей статье), завышая времена в три раза, и получая в Индии 12 тысяч лет вместо правильных 4 тысяч лет для времен жизни общих предков «индоевропейцев». Они, Кивисилд и Виллемс, слышали, что R1a1 в Европе имеет возраст 4-5 тысяч лет, вот и получается, что это из Индии пришли в Европу, потому что 12 тысяч лет в Индии старше. А все потому, что поленились посчитать сами возраст R1a1 в Европе, хотя бы для сравнения, тогда получили бы «по Животовскому» в Европе 15 тысяч лет, старше, чем в Индии. А если бы считали в Индии правильно, нашли бы, что там на самом деле несколько популяций R1a, одна - «индоевропейская», возрастом примерно 4000 лет, и другая - древние мигранты с востока, с Гималаев, с северного Китая, из Южной Сибири. В Индию R1a1 пришли в основном двумя путями - с востока, примерно 12-10 тысяч лет назад, и с севера, арии, примерно 3500 лет назад. Но популяционные генетики так считать не умеют.

Популяционный генетик Л.А. Животовский нанес трудно поправимый вред своей науке, введя совершенно искусственные «популяционные скорости мутаций». Они имеют совершенно узкое и практически нереальное применение, базируются на нереальных предположениях и допущениях, и фактически завышают времена жизни общих предков популяции в 2.5 - 3 раза (см. далее в настоящей статье). Более того, чтобы «обосновать», что эти ложные «популяционные скорости мутаций» применимы к реальным системам, Л.А. Животовский произвел откровен­ную подгонку данных, меняя состав изучаемых серий гаплотипов, меняя полученные «скорости мутаций» и подтягивая цифры к желаемым, и приводя названия популяций, которые он якобы анализировал, а на самом деле НЕ анализировал. Это все было объявлено как доказательство применимости «популяционной скорости мутации». Подробное рассмотрение этих манипуляций - в последующем разделе настоящей
статьи, а также в работах «Еще раз о «популяционной скорости мутаций» Л. Животовского, или как рождаются басни» (Клёсов, 2009а), и в статье в журнале Human Genetics (Klyosov, 2009a). 

Понятно, что все могут ошибаться, и от ошибок никто не застрахован, в том числе и в науке. Собственно, наука и развивается так, что при взгляде назад можно увидеть цепь ошибок, которые были вызваны отсутствием важных данных, и соответственно неверными, неполными, и просто ошибочными интерпретациями. В науке это - нормальное дело. Но я здесь говорю про другие ошибки, которыми изобилует популяционная генетика, а именно отсутствием умения и желания анализировать ИМЕЮЩИЕСЯ данные, рассматривать альтернативы, отсутствием способности рассматривать имеющиеся данные в совокупности, сравнивая их и сопоставляя. Примеров - масса. Собственно, практически каждая статья в области «популяционной генетики человека», выходящая в настоящее время в «академических» журналах, включая Доклады Академии наук США, доклады Британского королевского общества, не говоря о специализированных журналах в области генетики человека и популяционной генетики, представляет собой нагромождение нелепиц. Это - бич современной популяционной генетики.

Причина, на мой взгляд - отсутствие разумной, критической, добротной современной школы в популяционной генетике человека, в той ее части, которая занимается изучением истории человечества на основе гаплогрупп и гаплотипов Y-хромосомы и мтДНК. Соответствующие примеры нелепиц мы разбираем почти в каждом выпуске Вестника - не для того, чтобы научить попгенетиков, это бесполезно, они уже необучаемы, но для того, чтобы на их примерах учить молодых ученых, как не надо анализировать данные, и как надо это делать. Вот список этих примеров, далеко не полный, из выпусков Вестника только 2011 года.

Вестник №12 «Происхождение древних субкладов гаплогруппы R1b

- территории и времена» (разбирается необоснованное, но устойчивое положение попгенетиков, что гаплогруппа R1b образовалась на Ближнем Востоке, причем никаких обоснований к этому опять никогда не давалось, гаплотипы не анализировались, датировок по гаплотипам не было, кроме опять «популяционных скоростий мутаций).

Вестник №11 «Гаплотип фараона Тутанхамона и его возможное происхождение» (разбирается необоснованное положение, что гаплотип Тутанхамона имеет европей­ское происхождение, причем гаплотип его не
анализировался, датировок происхождения гаплоттипа не было) 

«Гаплотипы гаплорупп R1a1 и N1 в восточных Гималаях» (разбирается статья Kang et al, 2011, в которой гаплотипы даны, но анализ их не проводился).

«Исследования мтДНК» (разбираются утверждения рос­сийских попгенетиков о совершенно безумных временах происхождения гаплогрупп мтДНК, как, например, 273 тысячи лет назад в Волго-Уральском регионе, причем то, как делались эти «расчеты», в разбираемой статье нет)

«Выход современного человечества из Африки» - генетика и ДНК-генеалогия не согласны (разбираются бесконечные натяжки и манипуляции попгенетиков по этому вопросу, игнорирование альтернативных решений).

"The recent infamous (and failed) attempt to discredit the mutation rate constants. An overview of Busby et al (2011) article in Proc. of the Royal Soc. (B) and Dienekes Ponticos "essay" in his Anthropology blog".

"Критическое рассмотрение статьи "Decreased rate of evolution in Y Chromosome STR loci of increased size of the repeat unit" (M. Jarve, L. Zhivotovsky et al)

«Еще раз о взаимоотношении ДНК-генеалогии, генетики и популяционной генетики»

«История гаплогрупп R1a и R1b в Иране и Ливане. Критический разбор статьи "Influences of history, geography, and religion on genetic structure: the Maronites in Lebanon" by M. Haber et al, Eur. J. Hum. Genet., December 2010»,

Гаплогруппа R1a на Коморских островах и древние миграции гаплогрупп R1a1 и R1b. Критический разбор статьи "Genetic diversity on the Comoros Islands shows early seafaring as major determinant of human biocultural evolution in the Western Indian Ocean"by S. Msaidie et al, Eur. J. Hum. Genet., August 2010.

В выпусках 2010 года были статьи с разбором попгенетических фантазий и грубых ляпов в статьях -

-- «О редком характере мутаций DYS390 в гаплогруппе R1b1b1", «Гаплогруппа О и ее субклады в Азии» и «О месте и времени происхождения гаплогруппы R1b (с удивлением читая Wikipedia)» (декабрь 2010),

-- «Мутации в гаплотипах Y-хромосомы в парах отец-сын и их значение для ДНК-генеалогии», «Еще о скоростях мутаций в гаплотипах Y-хромосомы», «Гаплогруппа R1a и ее субклады в Азии» (ноябрь 2010),

-- «Миграционный путь гаплогруппы R1b в Европу и расселение в Европе. Критический разбор статьи Myres et al (2010)» и «Гаплогруппа R1b1 и ее субклады в Азии» (октябрь 2010)

-- «Анализ генома популяций евреев и сопоставление с выводами ДНК- генеалогии» (июль 2010),

-- «Миграционный путь гаплогруппы R1b1b2 в Европу (1). Критический разбор статьи Balaresque et al (2010)», ««Миграционный путь гаплогруппы R1b1b2 в Европу (2). Критический разбор статьи Morelli et al (2010)», «Несколько комментариев к статье А. Штрунова «Происхождение гаплогруппы I1-M253 в Восточной Европе» и «О рукописи А.М. Тюрина «К вопросу о географии гаплогруппы Y-хромосомы I1 в Восточной Европе» (июнь 2010),

-- "A comment on the paper: A Western Eurasian Male Is Found in 2000-Year- Old Elite Xiongnu Cemetery in Northeast Mongolia" (апрель 2010)Ю

Работа по переделке материала и выводов статей попгенетических авторов практически бесконечна, потому что, повторяю, они безграмотны, в них сильно заметно отсутствие нормальной научной школы. Поэтому дело не столько в популяционной генетике, сколько в популяционных генетиках.

На, как говорил Козьма Прутков, порой и терпентин на что-нибудь полезен. Работа с этими статьями шлифует методологию ДНК-генеалогии, позволяет получать новые результаты и выводы, по ассоциации привлекаются новые материалы, которые опять же анализируются. Далее, в их статьях приводятся фактические данные, гаплотипы и гаплогруппы, из
которых попгенетики делают, как правило, совершенно примитивные и неверные выводы, но сам фактический материал можно использовать. Ссылки на эти фактические материалы я всегда даю. Так что как собиратели материала, как техники-лаборанты попгенетики приносят несомненную пользу. Сами же статьи их лучше не читать, а если читать, то понимая, что их интерпретации, и вообще раздел «Обсуждение результатов» в каждой статье надо пересматривать заново. Тогда все в порядке. 

После такого введения рассмотрим еще несколько примеров анализа данных попгенетиками, то, какие выводы они делают, и то, какие выводы на самом деле стоило было бы сделать, если вместо «популяционной генетики» приложить подходы ДНК-генеалогии.