Темы

C Cеквенирование E E1b1b G I I1 I2 J J1 J2 N N1c Q R1a R1b Y-ДНК Австролоиды Альпийский тип Америнды Англия Антропологическая реконструкция Антропоэстетика Арабы Арменоиды Армия Руси Археология Аудио Аутосомы Африканцы Бактерии Балканы Венгрия Вера Видео Вирусы Вьетнам Гаплогруппы Генетика человека Генетические классификации Геногеография Германцы Гормоны Графики Греция Группы крови ДНК Деградация Демография в России Дерматоглифика Динарская раса Дравиды Древние цивилизации Европа Европейская антропология Европейский генофонд ЖЗЛ Живопись Животные Звёзды кино Здоровье Знаменитости Зодчество Иберия Индия Индоарийцы Интеръер Иран Ирландия Испания Исскуство История Италия Кавказ Канада Карты Кельты Китай Корея Криминал Культура Руси Латинская Америка Летописание Лингвистика Миграция Мимикрия Мифология Модели Монголоидная раса Монголы Мт-ДНК Музыка для души Мутация Народные обычаи и традиции Народонаселение Народы России Наши Города Негроидная раса Немцы Нордиды Одежда на Руси Ориентальная раса Основы Антропологии Основы ДНК-генеалогии и популяционной генетики Остбалты Переднеазиатская раса Пигментация Политика Польша Понтиды Прибалтика Природа Происхождение человека Психология РАСОЛОГИЯ РНК Разное Русская Антропология Русская антропоэстетика Русская генетика Русские поэты и писатели Русский генофонд Русь США Семиты Скандинавы Скифы и Сарматы Славяне Славянская генетика Среднеазиаты Средниземноморская раса Схемы Тохары Тураниды Туризм Тюрки Тюрская антропогенетика Укрология Уралоидный тип Филиппины Фильм Финляндия Фото Франция Храмы Хромосомы Художники России Цыгане Чехия Чухонцы Шотландия Эстетика Этнография Этнопсихология Юмор Япония генетика интеллект научные открытия неандерталeц

Поиск по этому блогу

среда, 11 февраля 2015 г.

Рассмотрение семейства гаплотипов гаплогруппы (L21+ M222-) с «подписью 11—13»



Анатолий А. Клёсов  

Носители гаплогруппы R1b1b2 в Европе множатся сотнями буквально каждый месяц. В предыдущем выпуске Вестника расматривались гаплотипы этой гаплогруппы по субкладам, и один из наиболее многочисленных был субклад L21, он же R-L21/S145, он же R1b1b2a1a2f. Он является «параллельным» субкладу U152, и оба нисходят от Р312. Субклад L21 был впервые обнаружен в октябре 2008 года и сразу оказался востребованным. Выяснилось, что он охватывает значительную часть европейской популяции, и через год, в октябре 2009-го, на него были положительно тестированы уже 770 человек, из них 509 типированы на 67- маркерные гаплотипы. Дерево этих гаплотипов показано на рис. 1.

Расчеты показали, что все 509 гаплотипов произошли от одного предка, который имел следующий гаплотип:


12 24 14 11 11 14 12 12 12 13 13 29 - 17 9 10 11 11 25 15 19 29 15 15 17 17 - 11 11 19 23 15 15 18 17 36 38 12 12 - 11 9 15 16 8 10 10 8 10 10 12 23 23 16 10 12 12 15 8 12 22
20 13 12 11 13 11 11 12 12 

Все 67 аллелей базового гаплотипа в точности совпадают с аллелями «родительского» субклада R-P312. Ясно, что там могут быть подвижки на уровне долей величин аллелей, но так же ясно, что сами общие предки жили настолько близко по времени, что гаплотип потомка не успел мутировать в сколько-нибудь заметной степени.

Все 509 гаплотипов содержат 2924 мутаций в первых 25 маркерах, что даёт 3600±370 лет до общего предка. Среднее число мутаций на маркер составило 0.230±0.004.

Среди всех 770 12-маркерных гаплотипов было 49 базовых, то есть идентичных друг другу. Это даёт [ln(770/49)/0.022] = 125 поколений без поправки на возвратные мутации, или 143 поколения с поправкой, то есть 3575 лет до общего предка. Это практически идентично 3600 годам до предка, рассчитанным по мутациям. Это опять убедительно показывает,
что общий предок у всей серии был один. С помощью той же логарифмической формулы можно предсказать, что среди 25-маркерных гаплотипов из 770 гаплотипов должно остаться всего два базовых гаплотипа (точнее, 2.4 гаплотипа, но так не бывает), поскольку [ln(770/2.4)/0.046] = 125 поколений без поправки на возвратные мутации, то есть 3575 лет до общего предка. На самом деле, среди 770 25-маркерных гаплотипов имеется два базовых, в точном согласии с теорией. 


В январе 2010 года в списке было 655 25-маркерных гаплотипов, они содержали 3906 мутаций от указанного базового гаплотипа, что дало 0.239±0.04. «Возраст» общего предка для выборки составил 3725±380 лет. Это
- в пределах погрешности с полученной ранее величиной 3600±370 лет до общего предка. Среди этих 655 гаплотипов было 34 базовых 12-маркерных гаплотипов, что дало [ln(655/34)]/0.022 = 134 поколения без поправки на возвратные мутации, или 155 поколений с поправкой, то есть 3875 лет до общего предка выборки. Это - опять в пределах погрешности расчетов. 

Как и можно было ожидать, предковый гаплотип субклада L21 оказался несколько «моложе» предкового гаплотипа «родительского» субклада Р312, 3725±380 по сравнению с 4300±450 лет до общего предка. Но 67-маркерный предковый гаплотип, повторяем, точно тот же самый.

И вот в феврале 2010 года я получил письмо от одного из адмистраторов проекта L21, вместе со списком из 210 67-маркерных гаплотипов субклада L21, большинство которых негативны по М222 и L226. Исходя из карты субкладов, фрагмент которой приведен ниже, и положения L21, M222 и L226 показаны стрелками справа

те, кто позитивны по L21 и негативны по М222, представляют L21 «в чистом виде». Но это, конечно, судя по сегодняшним понятиям, поскольку на самом деле между L21 и M222 могут быть десятки, если не сотни субкладов. Просто их еще не нашли. К тому же в данном случае «чистых» было большинство, но не все. 5 или 6 человек из 210 были позитивны по L193.

Основной особенностью списка было то, что из всех L21 были выбраны те, кто имеют DYS406s1 (в четвертой панели, 46-й по счету маркер) не 10, как в   
базовом L21, а 11 или выше. На самом деле в списке были двое с «10», 201 с «11» (то есть 96% от всех), шесть с «12» и один с «13». Помимо того, не только DYS406s1=11 и выше, но и DYS617 (в пятой панели, 61-й по счету маркер), который в базовом L21 равен 12, в отобранных 210 гаплотипах был = 13 или выше (199 гаплотипов то есть 95%, имели «13» и 11 имели «14»). 

Администратор проекта был убежден, что эта пара DYS406s1=11 и DYS617=13 представляют собой отдельный субклад субклада L21, тем более что в нижестоящей М222 ни «11», ни «13» в этих позициях практически не было. По сведениям проекта многие из группы «11-13» относили себя (и предков) к англо-норманскому происхождению. Один человек из этой группы сказал, что по предкам он острогот, другой, швед, сообщил, что его предки жили в 1600-х годах в Ostergotland. Третьи, особенно с севера Англии, полагали, что они потомки викингов. Наконец, четвертые, разбросанные по всей Англии, исходя из семейных преданий полагали, что они потомки воинов Вильгельма-Завоевателя, вторгнувшего на острова с европейской стороны.

Если бы это был отдельный субклад, то общий предок его был бы моложе общего предка субклада L21. Это и просил меня проверить администратор проекта.

Я со своей стороны скептически отношусь к тому, что из большой серии гаплотипов выхватывают отдельные аллели и полагают, что они представляют отдельный субклад. Мутации происходят «вверх и вниз», и брать половину облака и представлять, что это - отдельное облако, не очень обосновано. Этак можно считать, что орел и решка - это отдельные субклады при бросках монеты.

Но все может быть. Естественно, не исключено, что это не две стороны одного облака, а в самом деле отдельные облака, почему-то не взаимопроникающие. Проверим. Если это тот же субклад L21, то общий предок будет тем же по древности.

На рис. 2 приведено дерево гаплотипов этой выборки.


Видно, что дерево расходится как минимум по пяти ветвям, каждая из них должна иметь своего общего предка. Вопрос - когда жил ИХ всех общий предок? Между 3600±370 и 3725±380 лет назад, как у L21, или заметно позже?

Ветвь справа на дереве из 63 гаплотипов выглядит моложе других. Ее базовый гаплотип в 25-маркерном варианте следующий:

13 24 14 11 11 14 12 12 12 13 13 29 -- 17 9 10 11 11 25 15 19 29 15 15 17 17

Все 63 гаплотипа содержат 112 мутаций в первых 25 маркерах, что дает 112/63/0.046 = 39 поколений без поправки на возвратные мутации, или 41 поколение с поправкой, то есть 1025±140 лет до общего предка. Базовый гаплотип - в точности как L25 на первых 25 маркерах.

Чтобы убедиться, что эта ветвь происходит от одного общего предка, взглянем на дерево одной этой ветви (рис. 3)


Для начала сделаем предсказание - сколько в таком дереве должно быть 25- маркерных БАЗОВЫХ гаплотипов? Ответ такой - [ln(63/x)]/0.046 = 39, то есть х = 10.5 поколений, если считать формально. Считаем число базовых гаплотипов на дереве («расческа» на вершине). 10 базовых гаплотипов. Как и должно быть. Значит, предок в самом деле один на всю ветвь.

Самая старая ветвь на дереве - справа внизу. В ней 26 гаплотипов, и 25- маркерный базовый гаплотип следующий:

14 25 14 11 11 14 12 12 12 14 13 30 -- 16 9 9 11 11 25 15 19 31 15 15 17 17

Он на 6 мутаций отличается от базового гаплотипа ветви справа (мутации выделены). Все 26 гаплотипов имеют 109 мутаций от приведенного базового гаплотипа, что дает 109/26/0.046 = 91 --> 100 поколений до общего предка, то есть 2500±350 лет. 6 мутаций между базовыми гаплотипами помещают ИХ общего предка на 3600 лет назад. Это и есть возраст субклада L21 (3600±370 лет назад).

Остальные ветви можно не считать, картина уже ясна. «Моложе» общий предок выделенной «подписи» уже не будет. Так что выделение отдельных мутаций и в самом деле не выделяет отдельный субклад, а просто отщипывает часть облака мутаций. Искусственный отбор определенных аллелей администратором проекта не привел к новому субкладу, а дал все тот же исходный L21.