В 1783 году Екатерина II издала манифест, упразднявший государственность причерноморских орд, а им самим предписывалось переселиться из новороссийских степей в Зауралье. Попытки депортации вызвали новые волнения среди ногайцев, и на их подавление был направлен А. В. Суворов. Ногайцы были разбиты, множество их погибло.
К 1812 году всё Северное Причерноморье окончательно вошло в состав России. За этим последовала массовая насильственная депортация населения этой территории в Турцию. Источники утверждают, что в общей сложности было переселено от 500 тысяч до одного миллиона человек. Сколько из них было ногайцев — точно оценить невозможно, поскольку учет эмигрантов не проводился, а выселяли всех мусульман, в том числе и крымских татар и турок. Остатки ногайских орд были согнаны в своего рода резервации на севере Таврической губернии (современная Херсонская область) и на Кубани, и принудительно переведены на оседлый образ жизни.
После Крымской войны 1853-56 года ногайцев опять обвинили в симпатиях к Турции, и кампания по их выселению из России возобновилась. Десятки тысяч человек были насильственно вывезены. Оставшиеся с Северном причерноморье ногайцы влились в состав крымских татар, а основная масса депортированных была ассимилирована турецким населением Анатолии.
Возле Кизляр кочевали караногайцы, а возле Моздока едисанцы и джамбайлукцы.
К середине XX века ногайцы остались жить только в Ногайской степи, разделенной между Дагестаном, Чечней и Ставропольским краем
